熟した果物などに含まれている水溶性食物繊維は、食後の血糖値の急激な上昇を防いだり、コレステロールの吸収を抑制したりする。
野菜や穀類、豆類等に含まれている不溶性食物繊維は、大腸の働きを促す。また、がんの予防効果を期待する意見もある。
逆に、消化管内の必須栄養素であるカルシウムと結合し腸管からの吸収を阻害する働きもある[12]。
日本では、特定保健用食品（トクホ）として科学的根拠がある食品の機能の表示が認可されている。認可された食物繊維の多い食品には、排便回数や排便量が増加し、軟便として改善されたという研究結果が多い[13]。
2003年、世界保健機関（WHO）と国連食糧農業機関（FAO）による「食事、栄養と生活習慣病の予防[14] 」(Diet, Nutrition and the Prevention of Chronic Diseases) では、肥満、2型糖尿病、心臓病のリスクを下げると報告し、野菜や果物や玄米のような全粒穀物からの摂取をすすめている。
リード (N.W. Read) とティムス (J.M. Timms) による「
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の向こうに光は見えるか」という論文[15]では「食物繊維によって重症の便秘が軽減する事は少ない」と著されている。
なお、肉食が多いほど、また食物繊維の摂取が不足するほど、大腸癌のリスクが増加するとされる。ただし、必要十分な量を摂ればよく、サプリメント等で大量に摂ったからと言ってもリスクがさらに減少すると言うことはない。 また近年の研究では、食物繊維の摂取量と大腸癌発生リスクとの間には特に相関関係はないという研究結果もある。
2007年11月1日の世界がん研究基金とアメリカがん研究協会によって7000以上の研究から分析したがん予防の報告書[16]では、結腸や直腸のがんとの関連がありうるとしている。
SDFは胃で膨潤することで食塊を大きくし、粘性を上げ、胃内の滞留時間を延ばし満腹感を与え、IDFは食物の咀嚼回数を増加させ唾液や胃液の分泌を促し食塊を大きくすることで効果を現す。
コレステロール上昇抑止
SDFが効果的、SDFは食物
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吸収抑制、コレステロールの異化・代謝・排泄の促進、胆汁酸の回腸からの再吸収阻害による代謝・排泄の促進などがされる。
血糖値上昇抑制
SDFは体内で高い粘性を有するため、十二指腸や空腸の内容物の拡散速度と移動速度を遅くし、グルコースの吸収を緩慢にして血糖値の上昇を抑える。
大腸ガンの発生抑制
IDFは結腸や直腸で便容積を増大させ、排便を促進する。そして発ガン性物質の腸内での濃度を下げ、発ガン性物質が腸管と接触する時間を短くする。SDFは腸内発酵して短鎖脂肪酸や乳酸を生成する。発酵は腸内のpHを低く保ち腸内環境を改善し、腸内細菌による二次胆汁酸、アミノ酸などの発ガン性物質の産生を抑える。
ダイオキシン類の排出
ダイオキシン類を吸着して排泄する効果もあるため、体内からの排出速度を2〜4倍に高めることで、ダイオキシン類の健康に対する影響が防げると示唆されている。
治療には、下剤の摂取により便の排泄を試みたり、早期の治療には浣腸も含まれるが、そういった状態が常態化すると、体がそれらの刺激で排泄をするのが当たり前になってしまい、それらを欠かすとなおひどい便秘になる場合もある。
浣腸にはグリセリンなどが入っており、これらの直腸への刺激で排泄を促すものだが、刺激が強く急激に催し、また悪寒や吐き気などといった症状を誘発させる場合もある。グリセリン浣腸では、我慢しきれずすぐに出してしまうなど使い方が悪かった場合などには、後述するような体質にも拠り、出し切ることができず不快感が残る場合もある。完全に腸内の便を取り除くのを望む場合には、腸洗浄と呼ばれる処置もある。こちらはぬるま湯（生理食塩水を使う場合もある）を注入、それらの湯と一緒に排出するが、
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に無理な圧力を掛けると直腸穿孔など負傷のおそれもある。したがって専用の器具が利用され、また市販もされているが、基本的には専門の医師などの指導が必要といえる。また、こちらは専用の器具や温度管理などで手間が掛かるが、注入量が多く刺激が少ないため、腹痛などの問題がおきにくいなどの体験談も聞かれる。民間療法の範疇としてはぬるま湯や生理食塩水以外のもの（コーヒーなど）を使うという話も聞かれるが、医学的に根拠は無い。
十分な量の水もしくは野菜や果物のジュース、スープなどを摂取する。
水分は大便を柔らかく保ち、通りを良くするため、水分を十分取っただけで便が排出される又は症状が改善される場合も多い。ただし、カフェインやアルコールを含む飲料は、消化器の水分を減らす傾向がある。
脂肪は腸管を滑らかにする働きがあるので、摂取することで便の通りがよくなる。よって油物を摂取するのも効果的である。ただしこれはダイエットなどで過剰な摂食制限をしている場合にいえることで、脂身などの多い肉類を日常的かつ過剰に取っている場合などは当てはまらないし、他の生活習慣病になるおそれがある。あくまでも普段サラダと少量の炭水化物のみなどといった、偏った食生活をしている場合である。
規則正しい運動は消化器を活発にする。運動は軽いものでも十分で、毎日20〜30分の歩行でよい。また、軽い腹筋やストレッチも効果がある。手を使って腹をさすり、腸の蠕動運動を促すだけでも効果がある。
便意を無視しないようにする。生活習慣において
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決まった時間に便意を催す者もいるが、そうでない人は、便意を催し易い時間帯を排泄に割り振る生活上の配慮も効果がある。朝食前は体温が低く体全体の活動も活発でないため排泄時間には向かない。
下剤は大便を通しやすくする薬である。軽い便秘は上記の予防で十分な場合もあるが、程度に応じて下剤を使用することもできる。薬は医師の処方、または薬局で入手できる。液体、チューインガム、丸薬、粉などいくつかの種類がある。
便秘は子供や高齢者に多く見られ、男性よりも女性に多い。これには科学的な根拠があり、それは社会的なものから、生活習慣的なもの、そして女性独特の身体構造に大きく関与する。
男性に比べ、排便に必要な括約筋、腹筋の力が弱い。
男性に比べ、外や人前で便意を催したときなどでも、気恥ずかしさなどの理由で排便を躊躇、我慢する傾向があるが、それによって排便のリズムが狂い、排便反射が鈍くなってしまう。したがって、便が滞留しても便意を感じなくなる。
女性に多いダイエットも大きく原因している。食べないことによって腸の蠕動運動が疎かになる。
女性独特の黄体ホルモン、プロジェステロンが体内に水分を蓄積しようとする。その結果、排便に十分な水分が補給されなくなってしまう(このホルモンは生理、妊娠などの時に多く分泌され、故にその時期の便秘が多くなる)。更にこのホルモンは流産を防ぐために括約筋を収縮させる働きがあるため、一層排泄を困難にさせる。
女性は胎児を育てるため、骨盤が広い。そこに腸が下垂しやすくなり、腸が不安定になる。また、下半身に脂肪が溜まりやすくなるために、血液も骨盤に滞りがちになる。故に腸の働きが弱まりやすい。
上記と同様の理由で腸管の形が歪になりやすく、そこに硬い便などが留まりやすい。
ストレスによる過敏性腸症候群などにより、歪になった腸が閉塞してしまい、そこに便が滞ってしまう。
便秘薬など薬の濫用。一例として、ビサコジル製剤は腸の蠕動を促進させるものであるが、何度もそれに頼ると身体が慣れてしまい、反応が鈍くなる。それだけでなく、自立的な蠕動運動を阻害するために、薬に頼らないと排便が困難になるような慢性的な便秘に陥りやすい。その他、浣腸や下剤の濫用も、自然な排泄や排便サイクルを乱してしまう恐れがあるので、濫用すべきではない。
などの理由が挙げられており、便秘治療薬の購入者は女性が圧倒的に多い（パッケージにピンクが多いのは明らかに女性をターゲットにしている証拠である）。その一方、男性は、高齢者以外は便秘で悩まされる率は少ない。だが、男性は便秘より下痢に悩まされている傾向にある。これも同様に、食習慣（アルコール、油物、刺激物を好む傾向にあるが、これらは腸の動きを活発化させたり、腸壁を滑らかにさせたりする作用がある）や外的ストレスに対する脆弱性（前述の過敏性腸症候群は、男性だと下痢になりがちである）、太い腸管など身体の構造に起因するものである。